Dal 1688, quando a sedici anni prende gli ordini minori, fino alla sua morte Muratori è sempre stato un uomo di Chiesa. Gli ordini minori sono gli incarichi che lo preparano a diventare prete a tutti gli effetti, cosa che avviene negli anni trascorsi a Milano. Non sceglie però di entrare in uno dei tanti ordini religiosi che caratterizzano la vita del tempo (come i gesuiti, i domenicani, i benedettini o gli scolopi, per fare alcuni esempi), ma entra a far parte del clero secolare, cioè del clero ordinario.
Sicuramente Muratori è un uomo di fede, ma la scelta di entrare nel clero ha risvolti pratici. I benefici ecclesiastici, cioè la rendita cui un uomo di Chiesa ha diritto, gli servono per mantenersi e per dedicarsi senza troppi pensieri agli studi e alla sua vivace attività intellettuale.