Su un caso che oggi può sembrarci irrilevante Muratori affina i propri strumenti di ricercatore e di storico.
Ferrara e il suo territorio, antico feudo papale, erano diventati parte dei territori della Santa Sede nel 1598 a seguito della morte del duca Alfonso II d’Este senza eredi legittimi. Gli Estensi spostano nello stesso anno la loro capitale a Modena.
Nel 1708 riesplode la polemica mai sopita tra il papato da una parte e gli Estensi e l’Impero dall’altra quando l’imperatore Giuseppe I occupa Comacchio. Il papa condanna duramente l’azione con una lettera che rivendica i suoi diritti storici sul territorio e Muratori risponde nello stesso anno con alcune osservazioni alla lettera e nel 1712 con la Piena esposizione dei diritti imperiali ed estensi in proposito delle controversie di Comacchio.
Grazie a quanto ha appreso dalla collaborazione con Leibniz, Muratori ricostruisce un millennio di storia con padronanza delle questioni politiche, sociali e ideologiche della storia medievale.
Muratori si affida ad alcuni argomenti:
• l’Impero non ha mai rinunciato alla sovranità sui territori della Chiesa;
• Comacchio è sempre rimasto feudo imperiale;
• l’investitura del feudo di Comacchio è stata data agli Estensi dall’imperatore.
La ricostruzione del Medioevo conferma l’indipendenza del potere politico dal papato e che il papa è uguale agli altri sovrani nella sfera politica: il suo potere spirituale non vincola i poteri temporali.
Il conflitto termina nel 1725 con la rinuncia dell’imperatore alle valli.
Per Muratori è una sconfitta, ma il suo metodo ha trovato un’applicazione pratica di grande risonanza.